Die Mission Lunar-Prospector startete am 6. Januar 1998 in Richtung Mond. Es war die erste Sonde, die nach fast 25 Jahren wieder zum Mond geschossen wurde. Seit Mitte Februar hatte Lunar-Prospector seine Kreisbahn um den Mond gefestigt und suchte nach Antworten, die seit der Erforschung des Mondes immer noch im wissenschaftlichen Raum stehen: Seinen Ressourcen und seiner Herkunft. Lunar-Prospector versuchte, diese Fragen während der ein Jahr andauernden Mission zu klären.

Mit fünf Instrumenten an Bord versuchte Lunar-Prospector weiterhin, die interessantesten Erkenntnisse der Mondlandungen in den 70er Jahren und die 1994 erfolgte Mission "Clementine" zu unterstreichen und fortzuführen: Gibt es Wasser auf dem Mond, besonders in den unglaublich vielen Kratern der Polar-Regionen? Diese Fragen zu beantworten würde die weitere Erforschung des Mondes und eine eventuelle Errichtung einer ständigen Mondbasis vorantreiben. Wird Lunar-Prospector tatsächlich fündig, wäre das Problem des lebensnotwendigen Wassertransportes für eine Mondbasis erledigt.

Prospector war eine sogenannte "NASA-Discovery-Mission". Diese neue Art von Missionen, die im Gegensatz zu anderen in der Vergangenheit zurückliegenden Missionen nur ein Bruchteil kostet, prägt einen neuen Slogan in der Weltraumforschung: Schneller, Besser, Billiger.

Lunar Prospector nutzte alle Möglichkeiten der heutigen Technik voll aus,-  moderne Instrumente sicherten die Mission zum Erreichen des Zieles mit einem Minimum an Risiko.

Lunar Prospector war ein sogenannter "Frei-Flieger", der nicht auf der Mondoberfläche landen würde. Am 11. Januar 1998 wurde sein endgültiger Mond-Orbit erreicht, in einer Höhe von 110 Kilometern oberhalb der Mondoberfläche. Ein Jahr studierten die wissenschaftlichen Instrumente des Lunar-Prospector den Mond . Er  versuchte, einen tiefen Einblick in die Mondgeschichte zu nehmen, und nach wichtigen Rohstoffen suchen. Die Prospector Mission hatte eine Dauer von  22 Monaten. Als der Treibstoff versiegte, der den Prospector in der Mondumlaufbahn hieltt, brachte man die Sonde auf einen Kollissionskurs mit dem Mond und lies sie in einem Krater am Mondsüdpol aufschlagen. Man erhoffte sich durch dieses Manöver, dass eventuell Eiskristalle durch den Aufschlag hinaus ins All getragen worden wären, um diese mit Teleskopen gegen den schwarzen Hintergrund des Weltalls aufnehmen zu können. Dieser Versuch misslang jedoch, der genaue Aufschlagpunkt des Lunar-Prospectors wurde nicht lokalisiert. Mit der Sonde fand auch die Asche eines weltberühmten Mannes endlich ihre Ruhe: In der Sonde befand sich ein kleiner Behälter, der die Ache  des Astronomen Eugene Shoemaker hinaus in den Weltraum getragen hatte. Nun war der Mond zum ersten Mal in seiner Geschichte dazu benutzt worden, einen Menschen dort zu begraben.

Weitere "Discovery-Missions" sind in der Planung, die auch auf dem selben Wege wie Lunar-Prospector gestartet werden sollen: Messenger (ein Merkur-Orbiter), Vesat (ein Venus-Orbiter), Aladdin (Flug zu den Monden des Mars, Phobos und Deimos, und anschließender Rückkehr zur Erde), Contour (ein Nahevorbeiflug an einem Komenten) und Genesis (Sonnenwindexperiment in der Nähe der Sonne und Rückkehr zur Erde).

Lunar-Prospector demonstrierte den Prozess der Zusammenarbeit zwischen der Regierung und privater Industrie.